Aufgrund ihrer großen Bedeutung für die damaligen Herrscher der Region wurde Amberd mehrfach angegriffen. Einer der Angriffe erfolgte im 11. Jahrhundert von den Seldschuken, die Amberd jedoch nicht einnehmen konnten. Im Jahre 1236 waren die Mongolen bei ihrem Angriff auf die bedeutungsvolle Festung wesentlich erfolgreicher. Das von den Angreifern gelegte Feuer vermochte das Bauwerk zu zerstören, ein erneuter Aufbau des Festungskomplexes wurde nicht mehr vorgenommen. Die heute noch vorhandenen Ruinen tragen daher noch immer die Spuren der einstigen Zerstörung durch den Mongolenangriff. Vor der Zerstörung Amberds wurde nahe der Festung noch eine Kirche erbaut. Der damalige Fürst Vahram Vatchouitan errichte die Kathogike im Jahre 1026 und verwendete Tuffstein für den Bau. Die Kirche wurde ebenfalls zum größeren Teil zerstört, mit der Restaurierung in den 1970er Jahren ist es jedoch gelungen viele Details der Kirche, wie z.B. das schöne Schirmdach und die Reliefs, nachzuempfinden. Somit stellt ein Besuch der Kreuzkuppelkirche einen weiteren Höhepunkt der Besichtigung von Amberd dar.