Das Jahr 1220 gilt als das Gründungsdatum von Karakorum. Es war kein Geringerer als der legendäre Dschingis Khan selbst, der den Befehl zur Errichtung der ersten mongolischen Hauptstadt im Tal des Flusses Orchon am Tschangai-Gebirge erteilte. Damit setzte er die Tradition seiner Vorgänger fort, die diesen Ort bereits zum Zentrum alter Mongolenreiche und zum damaligen Mittelpunkt der Welt erklärt hatten. Nach dem endgültigen Verfall Karakorums im 16. Jahrhundert geriet die Stadt weitestgehend in Vergessenheit. Überreste der ersten mongolischen Hauptstadt wurden 1889 entdeckt. Doch erst nach Beendigung des Zweiten Weltkrieges führten Verlauf und Ergebnis verschiedener Grabungskampagnen wieder zu einem verstärkten öffentlichen Interesse. Heute gilt die etwa 320 km westlich von Ulaanbaatar, der gegenwärtigen Hauptstadt der Mongolei liegende Ruinenstadt Karakorum als eine der größten Attraktionen der Mongolei.

Nachdem Dschingis Khan die Gründung Karakorums veranlasst hatte, wurde sie unter seinem Sohn und Nachfolger Ügedai Khan zur Residenz ausgebaut und entsprechend befestigt. Ügedai Khan war es auch, der das bisher durch seine Raubzüge bekannte und gefürchtete Nomadenvolk schrittweise in ein organisiertes Staatswesen führte. Diesem Ziel diente auch der Bau eines Khanpalastes, der erst im Jahr 1256, 15 Jahre nach dem Tod Ügedai Khans vollendet wurde. Damit galt und gilt Karakorum noch heute als Geburtsstätte des mongolischen Nationalstaates. Die damit verbundene Notwendigkeit, manche bisher dem Nomadenvolk unbekannte Tätigkeiten ausführen zu müssen, wurde dadurch gelöst, dass man fremde Handwerker und Künstler für sich arbeiten ließ. Dies erfolgte sowohl auf freiwilliger als auch zwangsweiser Basis. Dabei entstand unter anderem der legendäre „silberne Baum"", der am Eingang des Palastes platziert war und aus vier seiner Äste unterschiedliche Getränke sprudeln ließ. Jahrzehnt später erhob ein nachfolgender Herrscher den Buddhismus zur Staatsreligion der Mongolen, sodass das Reich der Mongolen nun eine Hauptstadt, eine Religion sowie eine einheitliche Schrift besaß.

Den nach wie vor ihre tyrannischen Raubzüge durchführenden Khan-Dynastien gelang es, im Zusammenhang mit ihrer Hauptstadt Karakorum gleichzeitig eine sehr offene und tolerante Haltung an den Tag zu legen. Dies führte dazu, dass sich ihr Machtzentrum im 13. Jahrhundert immer mehr zu einem Handelszentrum entwickelte, das nicht nur von Kaufleuten verschiedenster Völker und Kulturen genutzt wurde, sondern auch für Handwerker und Künstler attraktiv war. Berichtet wird aus jener Zeit, dass das auf rund 1.600 m Höhe liegende Karakorum in zwei Stadtviertel geteilt war und zahlreiche Götzentempel und zwei Moscheen besaß. In dem überwiegend von Sarazenen bewohnten Viertel fand der Basar seinen Standort. Das zweite Stadtviertel beherbergte die Handwerker, die größtenteils aus Nordchina zugewandert waren. Chinesen waren es auch, die mit einem ausgeklügelten Bewässerungssystem die die Stadt umgebende Wüste urbar gemacht hatten. Die dort angebauten Kulturen dienten zur Versorgung der Stadtbewohner. Die sich in Karakorum kreuzenden Handelswege, darunter auch die Seidenstraße, sicherten der Bevölkerung den Zugriff auf herbeigeschaffte Güter. Gleichzeitig entwickelte sich Karakorum zu einer bedeutsamen und mächtigen Handelsmetropole.

Bereits unter der Herrschaft von Kublai Khan büßte Karakorum gegen Ende des 13. Jahrhunderts zum ersten Mal seinen Status als Hauptstadt ein. Er erklärte Peking zur Hauptstadt des Mongolenreiches. In der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts wurde im Ergebnis kriegerischer Handlungen die heutige Ruinenstadt nochmals zur Hauptstadt des „Nördlichen Yuan"" erklärt. Doch bereits 20 Jahre später, im Jahr 1388 wurde Karakorum von chinesischen Angreifern vollständig zerstört. Obwohl nach 1415 der Wiederaufbau Karakorums in Angriff genommen wurde, erreichte die Stadt nicht mehr ihre ursprüngliche Bedeutung und geriet im 16. Jahrhundert im verfallenen Zustand in Vergessenheit. Ein Teil ihrer Gebäude fand in Form von Steinen Wiederverwendung beim Bau des buddhistischen Klosters Erdene Dsuu. Einige seiner rekonstruierten alten Tempel dienen heute wieder als buddhistisches Kloster. Erst im Jahr 1889 wurden die Überreste der antiken mongolischen Hauptstadt wiederentdeckt. Nennenswerte Ausgrabungen erfolgten jedoch erst nach Beendigung des Zweiten Weltkrieges. Nach 1990 wurde Karakorum von der UNESCO zum Weltkulturerbe erklärt.

Im Nationalen Museum für Mongolische Geschichte der Hauptstadt Ulaanbaatar kann heute das Modell der Stadtanlage Karakorums besichtigt werden, das nach den neuesten Erkenntnissen bisher erfolgter Ausgrabungen und Vermessungen erstellt wurde. Dieses Modell zeigt auch den außerhalb der Stadtmauern liegenden vermuteten Standort des 1256 fertiggestellten Khanpalastes. Nach neuesten Erkenntnissen soll er sich in unmittelbarer Nachbarschaft des Klosters Erdene Dsuu befunden haben. Darauf lassen drei an diesem Standort gefundene steinerne Schildkröten schließen, die als die bisher einzigen sicheren und sichtbaren Überreste des Khanpalastes gelten. Damit wird eine zwischenzeitliche Annahme widerlegt, die den ehemaligen Khanpalast von Karakorum an der Stelle vermuteten, an der sich der „Tempel des Aufstiegs der Yuan"" befinden soll. Der Palast des Herrschers von Karakorum soll ein 45 mal 40 Meter großes Gebäude mit einem zeltartigen Dach gewesen sein, das von 64 hohen Säulen getragen wurde. Aufzeichnungen eines flämischen Franziskanermönchs, der sich 1254 mehrere Monate in Karakorum aufhielt, stützen diese Angaben. Heute gehören Teilbereiche der Ausgrabungsstätte von Karakorum zusammen mit der Klosteranlage Erdene Dsuu und deren rekonstruierter Außenmauer sowie einigen Tempeln und Stupas zu den am meisten besuchten Sehenswürdigkeiten in der Mongolei.

Bereits in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts konnten bei verschiedenen Forschungsvorhaben Hinweise auf die Standorte ehemaliger Stadtviertel und einzelner Gebäude gewonnen werden. Antike Gegenstände aus Gold, Eisen und Keramik wurden ausgegraben. Seit dem Jahr 1999 unterstützen deutsche Archäologen die oft recht mühsame Arbeit von mongolischen Wissenschaftlern. Die derzeitigen Grabungen konzentrieren sich dabei auf den vermutlichen Standort des Khanpalastes, die Stadtmitte und auf das Handwerkerviertel von Karakorum. Neue Funde brachten neben Messern, Bronzesiegeln, Münzen und Schmuckstücken unter anderem auch Reste von Gebäuden, Pflastersteine und aus Lehmziegeln gemauerte Heiz- und Wasserkanäle ans Tageslicht. Als regelrecht spektakulär gelten die Funde von vier liegend angeordneten Brennöfen. In ihrem Inneren konnten Fragmente von Terrakottafiguren, figürlicher Dachschmuck und Mauerziegeln entdeckt werden. Gegenwärtig wird überlegt, direkt über diesen Öfen ein Museum zu errichten, um sie zusammen mit weiteren Fundstücken einem breiten Publikum zugänglich zu machen. Große Bedeutung wird auch dem Fund eines mit Quadratschrift versehenen Bronzesiegels beigemessen, das dem Finanzminister eines mongolischen Großkhans gehörte und nachweisbar aus dem Jahr 1271 stammt.